1989年，日本。乔纳森·乔斯达和迪欧决战一百年后，迪欧复活了。与此同时，约瑟夫的孙子近条太郎发现他有替身的能力，而迪欧的复活影响了对替身没有抵抗力的母亲，并陷入了危急状态；为了救他垂死的母亲，成太郎和约瑟夫出发前往DIO所在地——埃及。
同一天，身着黑衣的美女黑泽菊里受哥哥委托，将一个银色手提箱交给夏目直树，并唤醒一种名为“聪明的魔神”的神秘武器。借着获得这个手提箱的机会，志纯了解到了这个世界隐藏的真相——上帝已经抛弃了人类，这个世界一度被摧毁，利用“恶魔”的力量重新生成了“第二世界”。被命令使用武器拯救世界的志纯遇到了一个自称是恶魔的女巫，以及一个同样被鬼魂困扰的学生校长。男主人公被无数不同类型的漂亮女孩包围，华丽的故事应该开始了
在成功封住虫洞抵御外星人入侵十年后，人类从废墟中站了起来。他们忘记了恐惧，尽情狂欢，其中包括斯特克·潘特科斯特将军的儿子杰克（约翰·博耶加饰演）。
