虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。 面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？” 这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！” 然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。 如今，冒险再度进化……
Ikashi Shinji，成为“第三次冲击”的罪魁祸首，变得像一个无用的人。。。真嗣还能振作起来吗？继2012年《福音勇士》新剧场版：Q之后，这部动画告诉了这个密封故事的续集。
然而在她心底，似乎依稀隐藏着对天野雪辉（富樫美铃 配音）的些许记忆。那一闪而过的片段，搅扰她的心神，以致无论如何也要弄清那名男孩的下落和踪迹。借着这份执念，她穿越层层时空，渐渐靠近时空之神Deus（若本规夫 配音）的所在地。下一位神的人选悬而未决，由乃的介入将会令事态如何发展？ 本片根据えすのサカエ的原作改编，为该系列动画的OAD版。
