故事发生在遥远的26世纪。外科医生伊德（克里斯托弗·沃尔茨克里斯托弗·沃尔兹饰）抱起一个只剩下头的机械女孩，把她带回家。她安装了最初为她死去的女儿准备的尸体，取名为Alita（罗莎·萨拉扎尔饰）。
日本刮起了所有的铁锈风。铁锈腐蚀了小镇和生活，人们生活在恐惧之中。为了拯救垂死的主人，蘑菇无防御能力的蘑菇叛逃者BISCUS家族的男孩四处寻找蘑菇的药物。
故事发生在2029年，当时受到病毒袭击的日本陷入混乱，被一个名为“GHQ”的暴力组织接管。政府逐渐成为傀儡。在这样一个动荡的环境中，小仓曼二（由加吉由纪配音）只是一个普通的高中生，过着平凡的生活，直到这个女孩楪 ki（由茂野爱一配音）出现在他面前。齐的真实身份是“殡葬协会”的成员，该协会不断从事危险和残酷的战争，旨在从GHQ手中夺回日本的自治权。在该组织领导人津上信也（中村裕一配音）的指导下，他成为了该组织的一员，并结识了Ayase Miyako（川崎配音）和Thrush（武田彩奈配音）等同事。随着战斗的升级，各种迹象表明，姬似乎拥有神秘的力量，而在许多敌人背后隐藏着什么强大的存在，大家都不知道
