2008年に放送されたSFアニメ「マクロスF」の劇場版2部作の後編。2009年にロングランヒットを記録した前編「劇場版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新天地を目指して宇宙を旅する移民船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの生命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが織りなすドラマを描く。前編と同じ、テレビ版の総監督を手がけた河森正治が監督を務める。
明治维新十二年后，日本迎来了一个新时代。曾经强大的刽子手飞村建新现在成为了一名和平主义者，与朋友在东京过着平静的生活。一天晚上，建新最喜欢的餐厅遭到枪击，只留下一张写着“人类惩罚”的纸条——有人正准备代表天堂行事，审判的日子即将到来。
