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学习成绩优异的水谷雨（土屋泰丰饰演）性格冷漠，不愿意与周围的人交往。这一天，她被老师指派给一个很久没上学的男孩送作业。这名男孩名叫吉田纯（由神田直人饰演），在开学第一天因打架被停课。然而，在惩罚解除后，他很长一段时间没有来学校。

悲伤的爱德华和阿方斯兄弟试图用炼金术的最大禁忌——人体炼金术来拯救他们死去的母亲，但他们遭受了巨大的灾难。阿尔方斯失去了自己的身体，他的灵魂被盔甲囚禁，而爱德华则以右臂和左脚为代价，迫使他的弟弟停在黑社会的门口。