耗日持久的战争结束了，大地虽然满目疮痍，但总算迎来了短暂的平静，一片苍白的静默之中，地球进入了“衰退期”，历史的车轮倒转，整个世界停摆了。童年时代，深空彼方（金元寿子 配音）曾在一片废墟之中邂逅了一位神秘的女子，女子用手中的小号吹奏了《奇异恩典》，被美妙音乐吸引的彼方开始对小号发生了兴趣。 长大后，彼方加入了军队，被编入1121小队，在那里，她成为了一名通信兵。外表刚强内心柔软的和宫梨旺（小林优 配音）、个性傲娇不会轻易低头的墨埜谷暮羽（喜多村英梨 配音）、冷漠的天才少女寒凪乃绘留（悠木碧 配音）、成熟稳重的费利西娅（远藤绫 配音），在军中，彼方结识了这些个性迥异的好友，充满了快乐的日常就此展开。
2013年，一名来台湾学习旅行的女高中生肖兴喜被一种名为“进化入侵者”的突然怪物袭击。当军队完全无用时，神秘人作为超国家机构“DOGOO”的代理人出现在他们面前，继承了“伟大的灵魂”，并利用这一权力与“E基因持有者”作战。
