在东京街头，发现了几具男性尸体，这是一场由“日本种族”引发的重大骚乱。大学生金慕言（华江夏树配音）以为这一切离他很远，直到有一天晚上，他被心爱的女孩袭击，结果发现她是一个以人肉为食的物种。金木有生命危险，通过器官移植手术幸运地活了下来。
地球连邦政府经过调查，发现是由人类未知的技术制造的物体，这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果，表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此，人型机动兵器：Personal Trooper的研究开始了。 ----------------------------------------------------------------------- 【STAFF】 原作：SR Produce Team 监督：大张正己 监修：寺田贵信、森住惣一郎 系列构成・脚本：竹田裕一郎、八房龙之助 总作画监督：椛岛洋介 总机械作画监督：山根理宏 动作监督：铃木藤雄 机械设定：宫武一贵、カトキハジメ、明贵美加、斋藤和卫、山根理宏、ことぶきつかさ、大张正己 人物原案：河野さち子、斋藤和卫 人物设定：江端里沙、浜崎贤一、大笼之仁、山根理宏 Production设计：中北晃二 音响监督：龟山俊树 主题歌：JAM Project 动画制作 : 旭Production 演出：创通 制作：SRWOG PROJECT 【CAST】 南部响介：森川智之 Excellen Browning：水谷优子 Lamia Loveless：清水香里 Brooklyn Luckfield：杉田智和 水羽楠叶：高桥美佳子 伊达隆圣：三木真一郎 Raidiese Fujiwara Blanstein：置鲇龙太郎 古林彩：冬马由美 古林舞：折笠爱 Viletta Badim：田中敦子 安藤正树：绿川光 Ryune Zoldark：日高奈留美 白河愁：子安武人 Arado Balanga：鸡内一也 Seolla Schweizer：かかずゆみ Latuni Subbota：平井理子 樱花凪沙：根谷美智子 水无濑大铁：柴田秀胜 Lefina Enfield：岩男润子 Sanger Somvold：小野健一 Raetsel Fein Schmecker：稻田彻 Guiliam Jaeger：田中秀幸 Wendoro：甲斐田雪 Mekiboss：石田彰 Vigaji：草尾毅 Axel Almar：神奈延年
市建龙园高级中学又迎来了一个和平祥和的日子。一位名叫Lumu Yuan（由Yumu Bi配音）的大二女生和她的朋友Sayega美树（由Hidamura秀吉配音）和仁美智珠（由Shinagai Ryoko配音）讨论浪漫话题，享受年轻女孩的快乐青春。就在这时，一个叫小美彦（斋藤千和配音）的新生来到了班上，这个带着一丝神秘气质的女孩让小圆相当困惑。在和Sayega一起放学回家的路上，小圆听到了一个浑身伤痕累累的未知生物的呼救声，而正是严小美在追赶它。在关键时刻，他们得到了魔法女孩巴玛米（水桥翔之配音）的帮助，巴玛米也是神奈原高中的学生，并了解到这个名叫丘比的生物有能力帮助人们成为神奇的女孩。女孩们无意中打开了通往另一个世界的大门。。。这部电影是《魔法女孩》的剧场版，分三部分上映，由电视版12集改编而成。
