2062年，在一个重大的劳动力自动化项目失败后，其核心人工阿尔忒弥斯选择了对抗人类，地球在20年后被摧毁。一个女孩，皇后，在某个基地的地下研究设施醒来。她是人类的三个幸存者之一。但她没有以前的记忆。建设和平部队上校告诉皇后。
《机动战士高达 THE ORIGIN》系列的第6作。继续讲述了因父亡故而变成孤儿的卡斯巴尔与阿尔黛西亚，在动荡大时代的洪流之中，面临的又一场人生巨变……标题中的“赤色彗星”便是夏亚·阿兹纳布尔的称号。
故事发生在一个架空的世界之中，邪龙“达钢索德”的频繁现身令整个世界都陷入了危机，魔导士们挺身而出，想要将邪龙封印。锡洛（松冈祯丞 配音）的父母便是其中的两位，不幸的是，封印任务失败了，锡洛就此成为孤儿。
