4人の「王」が交錯した学園島事件以降、白銀のクランズマンである夜刀神狗朗とネコは、生死不明となった主であり「白銀の王」のであるシロの行方を追っていた。しかし、なかなかその手がかりをつかめず、気を落としていた2人は、「赤の王」を主とする能力者集団「吠舞羅（ホムラ）」のメンバーである鎌本力夫と櫛名アンナが、何者かに追われている場面に遭遇し……。監督はテレビ版に続き鈴木信吾、アニメーション制作は「マルドゥック・スクランブル」のGoHands。
在这个世界中，除了人类和妖怪外，还存在着另一个物种——人类和妖怪结合产生的返祖妖怪。由于其不纯正的血统，返祖妖怪经常会被同类驱逐甚至追杀，因此，一间专门为返祖妖怪提供庇护的“妖馆”应运而生。
