游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化，结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程；战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫，发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。
2018年9月，普通高中生正在为各自的未来而战。明光院京都正在为自己夺得柔道金牌的梦想而努力，但他在比赛中受伤，再也不会走上柔道运动员的道路。正当明光书院心灰意冷的时候，一个神秘的年轻人突然出现，拿出了手表和司机。。。
