2013年，在发现希格斯玻色子的阴影下，瑞士核研究机构“欧洲核子研究中心”启动了一项秘密计划。这个计划的名字是“尼安蒂克计划”。它的目的是研究干扰人类精神的未知物质。
Kenshin深深意识到自己和志志雄（藤原龙雄饰演）之间的巨大差距，为了拯救整个日本，他恳请他的主人教他飞天玉参流的最高奥秘。与此同时，熊志智指向东京，采取了武力夺取国家的下一步行动。他迫使伊藤博美（小泽正治饰演）对刽子手高崎发出国家逮捕令，而得知这一消息的阿久间和佐助（青木隆史饰演）则赶往东京。再次上路的《剑心》是第一个被宫廷粉丝领袖森仓子（伊势谷优介饰演）阻挡的人。他一路过关斩将，将与命中注定的对手志志雄展开最后一战。。。这部电影改编自Kazuki Hiroshi的同名经典漫画。
