值此危急时刻,公安九课少校的草薙素子(坂本真绫 配音)率领队员巴特(松田健一郎 配音)、陀古萨(新垣樽助 配音)等人迅速展开行动,与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队,还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害,公安9课课长荒卷大辅(塾一久 配音)在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相,在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥(田村由加莉 配音)、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵(能登麻美子 配音)、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃(钉宫理惠 配音),活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友,过着平凡的校园生活,但每当夜晚来临,她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。 三人的目标,是寻找价值连城的天使像,邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它,企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人(桧山修之 配音)、随叫随到的万能管家长月平之丞(清川元梦 配音),是他们在背后默默的支持着少女们。