健二之前与组长的老婆私通，因此犯下大忌遭到追杀。此次遭遇过后，这两个游走边缘的青年成为了好朋友。健二立志出人头地，坐上大哥的位置，为此不择手段；忠志则成为一支地下乐队的主唱，专事吹奏口琴。女友怀有身孕，乐队即将签约，在幸福降临前的那一刻，忠志被卷入健二的黑帮纠纷之中，所有美好憧憬瞬间化作泡影……
那里，是威胁和平的人类之敌“恶魔党”大施淫威，与之对抗的Gatchaman率领的“科学忍者队”不停战斗的世界。 但，在对于这个世界的样子感到违和感的他们面前，一个男人的身影出现了。那是科学忍者队的创设者南部博士。对本应相识的健露出诡异表情的南部，向英雄们说出了意想不到的话语。“看来你们似乎是我的敌人”……。 此外，还有一个一直在楼顶窥视他们的身影。那是曾和健一同并肩对抗恶魔党的，科学忍者队No.2。 其名为“神鹰乔”。 四大英雄的全新激斗，将在银幕上拉开帷幕！
可就在一年前的某日，淳美选择自杀，虽然侥幸挽回性命，但从此陷入深度昏迷中。为了探究妻子自杀的原因，浩市利用先进“Sensing”技术与淳美的意识联通。在对方的脑海里，他见到久违的妻子，而淳美则请求他找到童年时一副蛇颈龙的画。在此之后，虚幻与现实的界限逐渐模糊，浩市将发现意想不到的事实…… 本片根据乾绿郎的同名科幻推理小说改编。
