20世纪40年代，战争的阴影笼罩着世界。在日本的一个山村里，一个名叫黑川久史的中年男子（小田信满饰演）被征召入伍，并以截肢、半脸烧伤、耳聋和哑口的残疾人身份返回。他的妻子木子（Toshima Naruto饰演）无法接受这一事实，几乎准备自杀。
来历不明的神秘种族“月球人”出现了，并开始掠夺宝石人，残忍地将其制成装饰品，甚至将其加工成武器。极为脆弱且不灵活的磷矿石（黑泽朋实配音）、能释放银毒的朱砂（小松威克子配音）、渴望浪漫爱情故事的钻石（茂叶爱一配音）、致力于战斗的圆形钻石（樱花爱也配音）、活泼开朗的魔岗石（田村木心配音）。为了抵抗月球人的入侵，世界上仅存的宝石决定联手。
正当他们一筹莫展之时，持有斩魂刀“弥勒丸”的死神少女茜雫突然出现，并成功驱散欠魂。露琪亚对一连串的事件颇感不安，于是回到尸魂界调查。从护廷十三队的口中，一护得知现世和尸魂界中间的断界出现新的空间，并且不断膨胀，导致现世与尸魂界相通。这一切并非自然形成，似乎有人正暗中操纵着一切，而茜雫正是这起事件的关键…… 本片根据日本漫画家久保带人的同名原著改编，系该动画的第一部剧场版。
