校园城市与外部隔离，研究前沿技术。所有学生都经历了超能力的发展，大多通过药物、催眠和电刺激等方法获得超能力。有各种类型的能力，按范围和力量分为无能（0级）、低能力（1级）、无能力（2级）、强能力（3级）、高能力（4级）和超能力（5级）。故事开始于学园市最强的电击公主“超级电磁炮”玉坂美琴，有一天她遇到了初春尤里，她和黑子一样担任纪律委员会成员
自从巨人出现，人类的和平与幻想破灭的那一天起，艾伦·耶格尔无休止的战斗就没有中断过。在没有任何抵抗的情况下，艾伦看着母亲成为巨人的诱饵，发誓要把巨人一个接一个地赶出这个世界。然而，在残酷的战斗中，他自己也变成了一个巨人。
