一位名叫Chupao Poppy Port的消防员（由Pian Jiliang Tai配音）在一次生活中被介绍给了Nikaizi。勇敢正直的波特很快引起了二开子的注意，两人一在一起就一拍即合，开始了一段充满幸福的感情。但好时光并没有持续太久。一场海难夺走了香港的生命，Nikaiko无法接受是她深爱的大海夺走了她最爱的人。有一天，长期处于抑郁状态的Nikaiko哼唱着他们在一起时经常唱的歌。令她惊讶的是，香港出现在她面前。
人类文明已经结束很久了，人类文明已经达到了繁荣和辉煌的顶峰。人类几乎灭绝，甚至生物也在消失，迎来了世界末日。复杂的城市化变成了废墟的迷宫，毫无准备的机械逐渐停止了运转。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
