根据管理规定，没有控制器的人工智能开始将失去网络连接资格的人类排除在外。那些忘记了过去繁荣的人只能生活在管理体系的阴影下。这部作品的舞台设定在一个人类日益衰落的世界里。城市结构作为一个舞台的世界就像一座巨大的高楼或一座连接所有建筑的巨大城市。它们中的大多数被超级结构遮挡，形成阶梯状结构。由于建设者的失控，城市结构正在无休止地扩张，截至本故事发生时，至少达到了木星的轨道平面。根据执政党的描述，正是城市的无目标增长从根本上导致了影响世界的混乱。其结果无疑是人口密度的极端下降。由于分散在其间的纳米机器人的作用，确保了环境中涉及的城市结构的范围是无菌的，从而确保了生物病毒的消除。这一成就是通过网络球在正常运行期间向统治委员会发出的指示实现的。在同一作者的《BIOMEGA》和《DEADHEADS》的主要作品中，由强大病毒引起的传染病理论上不可能在这部作品中发生。从这些设置中可以推断，“感染”作为网络末端遗传因素的突变原因并不等同于其字面上的感染，很可能是由系统逻辑的差异引起的。故事大纲探索了乌海在拥有数千层的巨大楼梯城市中的游荡。该设备手持一个可以穿透所有物质的引力子辐射发射设备，在网络终端跟踪遗传因素。
美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史 配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香 配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子 配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二 配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香 配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司 配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。 时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失，而成为永久的回忆，在内心转动。改编自同名漫画的《蜂蜜与四叶草》故事也走向终点，但对于他们，这则是新的起点。
