作为“第九任”典狱长，石破茂（森田敏岛饰演）看到了一个可以被描述为地狱的罪犯的想法。这一天，新来的研究员青木和他的随行人员（冈田贤三饰演）被分配到“第九”，他很快发现了一个离奇的案件。一名男子因涉嫌杀害家人而被判处死刑。当工资帮和青木及其随行人员研究死刑犯露口浩一（Kippei Shiina饰）的大脑时，他们意外发现在灭绝案中失踪的女儿的丝绸手帕（织田丽莎饰）实际上挥舞着一把锋利的刀刺伤了这家人。以此为契机，连锁事件此起彼伏，甚至指向“第九”忌讳之地——北沼事件。起初，石冈的朋友铃木（松坂桃里饰演）用自己的生命为北沼事件画上了血腥的句号，但现在黑暗的秘密逐渐浮出水面。。。本片改编自清水玲子于1999年至2012年连载的同名漫画。
本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
