为了继承父亲小野久郎（也由小山里配音）的遗嘱，高中生小野研吾（由樱井高弘配音）进入贵族学校的深流学院学习如何成为一名合格的校长。而且，在接下来的两年里，研吾还必须在学院里找到一个可以托付一生的婚姻伴侣。
在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。
作为最终兵器，人类派遣新型人造人＜寄叶＞部队至地球。刚被派往地球的＜2B＞与先行调查员＜9S＞会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……。 这是关于为人类而战，无生命＜人造人＞的故事－－ PS：Automata指的是“自动人形”，别再机械纪元求求了。
