Kochi（由Reika Matsumoto配音）来自镇心镇，他的目标是成为神奇宝贝的顶级教练。在他即将踏上训练师之旅的那天，由于迟到，他没有收到最初的精灵。
奇奇今年13岁。根据魔法世界的规则，魔法女孩在13岁时必须外出练习一年。于是，琪琪带着她的宠物黑猫吉吉踏上了修炼之旅。然而，修炼之旅并没有顺利开始。当奇奇到达海边的一个大城市时，人们并不欢迎她，所有人都忽视了她。幸运的是，奇奇有一颗善良的心。
涡芽在懵懵懂懂之中打开了卡片，让她没有想到的是，五名活泼可爱的少女出现在了她的面前，自己成为了她们的主人。 沉着靠谱深得同伴们信赖的莎莎萝（津田美波 配音）、身形娇小可爱有些傲娇的卡蒂亚（徳井青空 配音）、成熟知性总是想着守护大家的玛德蕾娜（大原沙耶香 配音）、沉默寡言毫无存在感的小明（长谷川明子 配音）和拥有着和外表毫不相称的强大实力的希梅吉（赤崎千夏 配音），和这五名少女一起，涡芽被卷入了激烈的战斗之中。
