《战国BASARA》中活跃的武将们，在现代高中再次展开了激烈的战斗：前任学生会长“丰臣秀吉”遭到停学处分，学园内群雄割据，为争夺新会长之位成为乱世。
在平安市，人类、果子狸和狗站在三脚架前，一起转动着城市的巨大车轮。下矢矢三郎（由樱井晓宏配音）是果子狸界著名成员矢家的第三个儿子。虽然它是一只果子狸，但它可以随意变身为人形。他的导师是田谷人Akyu先生。
在控制日本未来的帝国委员会上，关键人物讨论了旨在狩猎SPEC持有者的“简单计划”，神秘的法蒂玛的第三个预言也被提及。几天后，秘密执行狩猎计划的政府成员突然将游艇上的所有成员制成木乃伊并死亡。
