故事发生在一个名为“MERMAID”的人工岛上，室女守（井上裕子配音）被送到岛上。然而，在着陆后不久，她遭到了袭击。在生死攸关的时刻，一个名叫福岛由子的金发女孩出现了。然而，敌人太强大了，甚至井上裕子也逐渐感到无能为力。
西岛秀俊、斋藤功、玉城天那、宫川大辅和三浦友和扮演的角色都是土匪组织的成员，他们彼此不透露自己的身份。他们瞄准了情人酒店内秘密黑社会组织的洗钱现场，成功完成了抢劫巨额资金的任务。尽管这些成员回到了各自的生活中，但他们开始被黑社会组织追捕。
无奈之下，他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘（由大谷幸雄配音）。皮卡丘，也被称为电老鼠，虽然外表可爱，但性格腼腆内向，与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠，暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前，神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗？小智能如愿成为神奇宝贝大师吗？
