表面上看来，索尼娅（田村睦心 配音）是一个扎着双马尾的金发美少女高中生，但实际上，她有着一个秘密的身份——杀手。作为一名杀手，索尼娅有着异常敏锐的神经，任何突然靠近她的生物，都会受到她的强力攻击。
后来，Xi对一次逮捕行动处理不当，导致年轻一代田中（程璐川饰演）死亡。他在接受指责后辞职，考虑到支持田中的遗孀（每个人都由Yuko扮演），接近并安慰他的老朋友Horiba，以及黑手党追捕他要求利益，所有这些都让Xi感到不知所措。他决定冒险，做一些冒险的事情来结束一切。最后，Xi陪妻子踏上了一段没有回程的旅程。
柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。 本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
