故事发生在日本江户时代，当时一名神秘男子出现在武士桂（石田明配音）面前。他手里拿着魔剑“红樱”，要求对其进行测试。当晚之后，桂的下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松伸树配音）从万石屋找到了信高（Naomiya Rihui配音）和信矢加（Sakaguchi Daisuke配音），并委托他们寻找主人的下落。与此同时，银石（杉田智和饰）也被委托寻找调皮捣蛋的红樱的下落。三人的线索聚集在一艘飞艇上，由于远离警方的管辖范围，飞艇内的邪恶势力被完全隐藏起来。在那里，银石遇到了他的前战友、现任对手高崎信三（由齐安武史配音），他正带领他的幽灵军队试图摧毁江户。一边是令人发指的恐怖分子，另一边是残忍嗜血的妖刀红鹰。身受重伤的银石能否安全逃生，拯救江户？这部剧场版翻拍了《银魂》动画中的《红樱物语》，没有出现在原作中的真选组也将在故事中展示他们的技巧。
由于不断扩大的“雪海”，大地几乎消失的异世界—— 人们在巨树“轨道树”的根部和从顶部延伸出来的“天膜”上勉强度日。 天膜的少年卡纳和地上的少女莉莉哈相遇的时候， 改变这个即将毁灭的世界的故事，开始了——
故事发生在一个名为“失落的小镇”的小镇上，那里居住着许多专门从事占卜的算命师，被称为“乌拉”。活泼可爱的女孩千叶（原田明配音）长途跋涉来到了失落的小镇。她希望能见到一直在这里寻找她的母亲。
