他们决定组队，展开一场激动人心的冒险，揭开真相。在调查过程中，他们遇到了各种神奇宝贝，并意外地发现了一个令人震惊的阴谋，这个阴谋可能会摧毁整个神奇宝贝宇宙。这部电影改编自任天堂3DS同名游戏，由罗布·莱特曼执导，瑞安·雷诺兹配音，饰演侦探比丘，贾斯汀·史密斯、凯瑟琳·牛顿等人主演。
健太郎是一个孤独的年轻人。有一天，他被公司解雇了，独自去喝酒，但不小心惹到了一个小暴徒。他在躲避时跌跌撞撞地走进一片废墟，看到一个穿着水手服的娃娃女孩。突然，女孩睁开眼睛救了他。之后，健太郎带着女孩回家，开始了美好的同居生活。
在空地上，小夫（肝付兼太 配音）向大家炫耀现在最畅销的神秘火车的车票，胖虎（立壁和也 配音）和静香（野村道子 配音）恳求小夫也带他们去。这时，大雄（小原乃梨子 配音）急匆匆跑了过来，哆啦A梦（大山信代 配音）已经三天没回家，小夫和胖虎在一旁幸灾乐祸的笑着。晚上，哆啦A梦回来了，原来这三天他跑到了22世纪去买银河列车的车票。第二天晚上，银河列车在后山停站了，大雄和哆啦A梦开始了他们的银河之旅，车长（伊仓一恵 配音）总是笑嘻嘻，很有礼貌。另一边，神秘的生命体降落在了后山，是来自宇宙的寄居物，寄居物将自己附在人类的身体上，来操纵人的大脑，他们的目的是将整个地球毁灭掉。 在车上奇奇怪怪的事情发生不断，大雄在车厢外看到了一个忍者，小夫说看见了海盗，胖虎则看见了恐龙。哆啦A梦告诉大雄他们出现了一伙“神秘黑色影团”。遭到黑色影团的袭击后，列车在一颗行星上停下了，而冒险这才刚刚开始……
