神尾观铃（川上伦子 配音）自小体弱多病，孱弱的身体令她无法去学校上课，只能整日待在家中。然而，观铃却并没有因此而变得郁郁寡欢，因为她相信，自己总有一天会遇见传说中的那个少年。国崎往人（小野大辅 配音）是一位旅行中的人偶师，他一直在寻找母亲所告诉他的“在空中的少女”。当往人遇见观铃之时，他发现，也许观铃正是他想要寻找的那个人。
灾难性袭击对世界造成“第二次冲击”后，世界在废墟上重建。14岁的Ikashi Shinji被他的父亲Ikashi Moto召集到第三新东京城。我以为我能看到他受到父亲的欢迎，但我看到一个名叫“使徒”的巨大生物与军队交火。
为了复活他已故的朋友加藤胜一（松山贤一饰演）和其他已故的人，玄野治（宫城和也饰演）和他的战友们已经与各种外星人战斗了5个月，赢得了更多的分数。在这个过程中，新招募的人不断加入甘茨，他们似乎对这个看似陌生和陌生的世界有一种莫名其妙的熟悉感。
