值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
父亲的善良温柔的女儿，为你赚钱，赌债后失踪。她在生活中努力工作的唯一原因是一位聪明善良的老师，她自己也当保姆。但有一天晚上，一位正在一起工作的同事，明君突然坦白了她对女儿、身体和汤姆的爱。但他不应该有联系。为什么这么好？一个女性的名字。
面对新的曲折感，场景之间的故事围绕着在“神圣毁灭者”和瓦特拉之间的战斗中获胜的古城和雪菜展开。尽管这座古城已经将女神岛视为自己的“夜帝国”，并成为了一个重要的岛屿统治者，但它的日常生活与以前保持不变。
