2013年，在发现希格斯玻色子的阴影下，瑞士核研究机构“欧洲核子研究中心”启动了一项秘密计划。这个计划的名字是“尼安蒂克计划”。它的目的是研究干扰人类精神的未知物质。
就读于穗群园学园的普通女孩伊利亚，某天遇到了自称是人造自然精灵的红宝石万花筒魔法杖，被迫签约成为魔法女孩伊利亚。此时，她是红宝石之星的持有者，并成为魔术师袁班琳的奴隶，袁班琳是万花筒之杖的原始持有者。在他的指挥下，她被迫帮助取回军衔卡。
高中生加藤加藤（Odo Daisuke配音）和他的弟弟过着相互依赖的生活。一天，加藤加藤的地铁站遭到一名滥杀滥伤的凶手的袭击。为了救一个人，加藤胜信不幸地被几处伤夺去了生命。
