活泼活力的高坂穗直子（小田惠海配音）、温文尔雅的荒田海由美（米森林子配音）、温柔勇敢的鸟南奈美（上田彩配音）、聪明的混血儿高濑爱理（南条爱娜配音）、自律的学生会长东东敏夫（南田雅司奈配音），骄傲迷人的年轻女士西野正树（Hori Izuko配音）、体育女孩Starry Sky Rin（饭田龙雄配音）、名不见经传的小泉华阳（Yurika Kubo配音）和太仓寄宿女孩Yazeniko（Takai Qingkong配音），这些勇敢的女孩组成了一个偶像团体，并发誓要做出正确的努力来保护学校不被废除。
从那时起，五年过去了。亚马逊几乎被驱逐，世界正在走向和平。然而，感染亚马逊细胞的普通人的亚马逊化现象继续扩大，政府成立了一个新的4C组织，秘密驱逐亚马逊化的人类。其中，童年时被亚马逊抚养长大并变身为假面骑士的年轻人亚马逊·尼奥对抗亚马逊。
将船只驶向目的地本应是一次安全的航行，但等待他们的是一系列危机。从教师船的突然开火、与其他失控的学生船的战斗、遇险船的救援活动等等，他们历尽千辛万苦，克服了这些困难，最终安全返回陆地，在成员之间形成了牢固的纽带。在经历了一个月的动荡之后，正在享受考试假期的清风班成员遇到了新的危机——清风班将面临解体。在清风成员受到极大震动的同时，他们再次团结起来，最终阻止了阶级的解体，进一步加深了联系。之后，在清风危机爆发三个月后，横须贺举行了一场“比赛赛”，包括吴、五和和和佐世保在内的海洋学校的所有女学生聚集在一起举办文化和体育节。Ming Nai和清风班的其他成员也聚集在一起，为欢迎仪式做准备。来自大和号、信浓号、济一号等超大型船舶的班级也齐聚一堂，正当各种表演和比赛如火如荼地进行时，一场新的“危机”正在向他们逼近！
