21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。
然而，这其中追踪并狙击他们的军事组织“STORM”，则是由疯狂科学家库里普斯所率领的秘密集团“Eclipse”。就这样，由彻斯率领的CoreTec团队，通过旋转“核”而召唤出巨兽“Monsuno”，展开了与强敌之间的战斗。
这是关于传奇奴良组创立始末的尘封故事。不知曾几何时，旅行中的奴良滑瓢（游佐浩二 配音）偶然救下纳豆小僧（新井里美 配音），后者心甘情愿拜其为总大将，寸步不离。途中，滑瓢大吃霸王餐，遭到小鬼、豆腐小僧等相貌凶恶但实力弱小的妖怪追杀。
