日本伊豆群岛中有一个名为六轩岛的岛屿，该岛是富豪右代宫家的私人领土，有关于该岛的流言从未停息。一条游轮正向岛屿驶来，船上乘坐的均为右代宫家族的族人，他们来到六轩岛，是为了参加一年一度的家族会议。
茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
它告诉了一个“当地英雄”的故事，他在某个城市非常受欢迎，并已成为国家明星。以此为契机，全国各地涌现出了“本土英雄”，最受欢迎的“英雄”们的实战表演也成为国家层面的热门事件。作为一个水果产区，“羊菜野石”受到的影响比其他地方晚。
