夏天来临之际，病情一直很平稳的由美，晕倒在了学校里，此时的上条恰恰好不在她的身旁。之后，由美休了学，决定前往轻井泽疗养。本来只是为了完成任务的上条，在和由美的相处之中渐渐的真心爱上了这个单纯烂漫的可怜女孩，但这段感情注定是绝望的，要以死亡来做句读。
想要和裕司套近乎的松井成为了裕司一伙狐朋狗友们的玩物。终于，悲剧发生了，在一个雨夜，裕司一帮人残忍的凌辱了松井后消失得无影无踪。 许多年过去了，升上高中的松井一直将伤痛深藏在心底，他并不恨裕司，正相反，为了追随他的脚步，松井加入了游泳部。没想到，裕司的身影居然出现在了第一次到社团报道的松井的面前。好不容易逃脱的鱼又回到了网中，裕司和松井，这两人将会怎样面对自己内心深处的黑暗面呢？
案件被移交给了不知名的当事人Dang Masaya（户田惠莉卡饰演）和Setsumoto（加濑龙饰）。在调查过程中，两人接到了志村美玲（福田佐纪饰演）的求助电话，在赶往救援时，意外遇到了濑户（栗山千明饰演）的前同事兼情人青池惠子。当麻将美玲被带回未知的部门时，已经去世的杨泰/111（新木龙之介饰演）平静地出现在他们面前。马试图压制住她不安的左手，虚弱地看到美玲在被杨泰带走之前匆忙留言说“我们必须阻止法蒂玛的第三个预言”。在杨泰的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者之间的冲突变得越来越激烈。在两者之间的差距中，马对法蒂玛的第三个预言和人类未来的方向充满了困惑。玛丽亚，白衣教宗，左手拿着火焰之剑的天使。。。预言中的关键人物迫在眉睫，黑暗的未来最终会不可避免吗？
