然而，七年后，“乔”再次出现在地下竞技场。全身披甲，自称“诺曼德”。乔曾经实现的梦想。人们在未来能看到什么？
革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度（松风雅也 配音）成功篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感，时刻密切监视着他们。不久，联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……
与此同时，一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面，柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时，柯南接到重亚昂（赤井水一饰）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相，柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船，并进入该设施。之后，在稳步准备系统启动的设施中，发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架，她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻，在八丈岛上的阿石原爱身边，也有一道黑影悄然靠近
