故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园动作奇幻大作就此开始。
故事发生在第25代德川幕府将军德川庆子统治下的日本。德川家族成立了武夫学院，并组织了学生会来对抗仍在顽强抵抗的丰臣派。Yoshimoto Tsushiro（平川大辅配音）是武英学院的高材生。
就在她完全暴露是菜鸟而自暴自弃时，一位可爱的少女“莉莉”向她伸出了援助之手。“天使啊——！！！！”以遇到莉莉为契机，她交到了值得信赖的同伴，开始过起充实的网游生活。此时，在现实世界中，她与神秘的金发碧眼帅哥精英公司职员樱井优太冲击性地相遇了。
