2045年，全球资本主义已经解体，日本精锐的公安部门九等展开了一项秘密的在线任务。《攻壳机动队：SAC_2045》蓄势待发，将于2020年强势登陆，网飞独家。
在世界的角落里，有着这样一种生物：它们下等且奇怪，不同于任何动植物，有自己的生命形态以及生存方式。自古以来为人类所敬畏，不知何时开始，被称为“虫”。“虫师”这个职业便应运而生，他们对虫进行研究，并接受人们的委托，解决由虫引起的奇异事件。
男主人公水村信太就读于东京教会大学的“黎明教育园”，从小成为孤儿。他和年轻的训练师Ranamura Chihiro一起上学，过着平凡而普通的学校生活。
