为了报答自己的罪过，挽回失去的一切，兄弟俩踏上了寻找传说中的“哲人石”的旅程。几年后，一位右臂和左腿都被“机械盔甲”取代的国家炼金术士出现在人们面前。他被称为“钢铁的炼金术”。
夏天，东孚第一大学将举办一个合唱团音乐节。在课外合唱团训练中，高二A班的久必隆（神谷浩司配音）发现班上的尖子生佐藤聪（野岛贤二配音）没有开口唱歌。曹碧原本以为这样的尖子生不屑于合唱团活动，但那天放学后，他发现佐藤一个人在教室里练习。
本作の主人公は、推理小説家に憧れながらも貧乏生活を送る平井太郎。のちに江戸川乱歩となる人物で、ひょんなことから出会った初老の名探偵・白井三郎とともに難事件に巻き込まれていく。
