1975年，逆鳞乐队正在录制他们的最后一张专辑，主唱五郎（高良健吾 饰）和团长繁树（伊藤淳史 饰）抱着复杂的心情把专辑命名为《鱼的故事》；1982年，大学生们盛传着关于专辑《鱼的故事》的恐怖传说，平日里胆小的大学生雅史（滨田岳 饰）在夜晚回家的出租车上听到了这首，然后遇到了改变他人生的事；2009年，一艘轮渡载着旅客和少女麻美（多部未华子 饰）在海上行驶，却遇上了劫持轮渡的歹徒，可这时，正义使者（森山未来 饰）出现了；2012年，距离世界末日的最后五小时，奇迹却在这时出现……
虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。 面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？” 这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！” 然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。 如今，冒险再度进化……
…我没有名字。里面都是空的。你叫什么名字？”“我叫志崎疯狂三。“失忆的女孩“Kongo”在所谓的邻国醒来，遇到了志崎疯狂三人。她跟随疯狂三人来到一所学校，那里聚集了一群被称为准精灵的女孩。十个年轻女孩聚集在一起互相对抗，还有来自校外的空女。
