岛津丰久，一名活跃于战国时代后期的年轻豪杰。在一场撤退战中，为了掩护友军平安脱困而身受重伤。不料眼一眨，却赫见一名不明人物出现在眼前，并打开一扇门引他进入另一个由许多不同时空交错而成的奇幻世界。
元禄14年，赤穗城城主浅野内匠头（真田广之 饰）拔刀砍伤了羞辱自己的吉良上野介（田村高广 饰），他也因冒犯将军而被赐死。在此之后，赤穗城覆没，大老大石内藏助（津村雅彦 饰）召集城中武士，决定暂时忍辱负重，伺机复仇。
某日，一群使用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。
