Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》,全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。
这是在人体内。在这个世界上,许多细胞都在努力工作。在某一天,白细胞(中性粒细胞)和红细胞遇到了含有迷路乳酸菌的普通细胞。为了将乳酸菌护送到它们的同伴身边,白细胞(中性粒细胞)和正常细胞向肠道出发。
住在Saitama的Kanwon一家正驱车前往东京,与他们未来的姻亲见面。就在这时,车里的收音机播放了一个传说。。。故事发生在东京为数不多的名校之一,百朋堂学院。