原创小说最初在小说投稿网站“成为小说家”上连载，后来由一寻社出版。它也被改编成了漫画版
战国时期，秦王应徵（李雪健饰演）实现了统一世界的伟大目标。当时，燕国完全听命于应徵。为了帮助他尽快完成统一的霸权，赵姬（巩俐饰演）提出了一个计划，在燕国诬蔑策动刺杀应政。因此，秦国有机会派兵进攻燕国，为燕国不战而降的可能性而战。
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
