“新生篇章”的内容延续自第24集的内容：在第17使徒被消灭后，SEELE向NERV发出命令，要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而，秀吉并不同意SEELE的做法，并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为，并决定彻底消灭NERV。黎明时分，NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击，他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机，葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机，并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上，Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
在逃亡的过程中，特尔与莱伊失散了，同时，特尔也得知了父母遇害的真相。得知莱伊已死的特尔悲愤交加，他决定坚强的生存下去，为弟弟和父母报仇。 在茶轮的首领挑战赛中，特尔获得了胜利成为了茶轮的首领。而他的目的并不止于此，他希望成为的，是兽王星真正的、唯一的统治者。在萨德（小栗旬 配音）的帮助下，特尔一路过关斩将，而当他踏上最后的战场时，出现在他面前的对手，竟然是莱伊。
在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。
