东京明河银行职员中山茂（鸟谷茂饰）摔倒身亡。一等警官Yidan Heichi（川原和久沙饰）带领一个小组前往现场。结果，他遇到了警察局计算机犯罪对策科的特别搜查官岩上春树（田中惠饰），他让他头疼。
在回家的路上，他们遭到一名神秘男子（由大权茂生饰演）的袭击，随后被绑架。当两人从昏迷中醒来时，他们发现自己身处一个黑暗而阴暗的房间里，四肢紧紧地固定着，而神秘男子则神情忧郁地盯着他们。在接下来的几天里，他们遭受了难以想象的羞辱和折磨，唯一的逃跑方法就是让这个变态的恶魔感到终极的满足。。。这部电影在英国被禁，不受监管的DVD也在英国停播。
Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
